Cada órgano, glándula y sistema del cuerpo está conectado con un chakra, y cada chakra es conectado a una frecuencia vibratoria de color.

Por ejemplo, el chakra corazón gobierna la glándula timo y también está encargado del funcionamiento del corazón, pulmones, sistema bronquial, glándulas linfáticas, sistema circulatorio secundario, sistema inmunológico así como los brazos y las manos; el chakra corazón resuena al color verde.

Los siete centros chakras principales están alineados a lo largo de la columna vertebral. Si hay alguna perturbación en algún nivel, esto se refleja en el nivel de vitalidad del chakra. También cada uno de los siete principales chakras es su propio centro de inteligencia.

Esto significa que cada chakra no solo está asociado con nuestra salud física, sino que también controlan aspectos conectados a nuestro sistema emocional, mental y espiritual.

Para ayudar a equilibrar un chakra en un nivel emocional, intelectual, físico o espiritual, tenemos que traer al chakra vibración (color), que resuene a la misma frecuencia.

En el estudio de la anatomía del aura es importante entender el significado del sistema del chakra, y el lenguaje de los colores expresado en el aura.

Cuando una parte de un centro chakra esta fuera de sintonía eventualmente puede afectar sus otras partes y posiblemente los chakras cercanos.
Cuando un centro chakra esta fuera de equilibrio significa que esta sobre-activado o desactivado, o posiblemente congestionado o bloqueado. Si esto pasa es usualmente sentido en un nivel mental, emocional o físico.