Una de las múltiples funciones de la microbiota es la de la regulación de la inmunidad. El sistema inmune lo conforman un conjunto de órganos, tejidos, células y productos derivados de estas células que se encuentra distribuido por todo el organismo y que, en condiciones normales y de forma muy resumida, se encarga de protegernos. Para ello, realiza dos procesos fundamentales: el reconocimiento y la defensa.